มะเขือเปราะ เป็นพืชล้มลุก ทรงพุ่มขนาดเล็ก ลำต้นตั้งตรง สีเขียว ผิวเรียบ ไม่มียาง มีรากเป็นรากแก้ว ทรงกลม สีน้ำตาล แทงลงดิน 

ส่วนใบเป็นใบเดี่ยว สีเขียว ทรงหัวลูกศร ปลายแหลม โคนโค้งมนคล้ายติ่งหู กว้างประมาณ 4 เซนติเมตร ยาวประมาณ 13 เซนติเมตร 

มีดอกออกตามซอกใบ สีม่วงบ้าง สีขาวบ้าง โดยกลีบดอกจะเชื่อมติดกัน แต่ปลายดอกจะแยกออกเป็น 5 แฉก รูปกงล้อ ไม่มีกลิ่น 

ส่วนผลของมะเขือเปราะจะมีลักษณะกลม ผลเรียบ เนื้อแน่นกรอบฉ่ำน้ำ โดยผลอ่อนจะมีสีเขียวอ่อน หรือบางพันธุ์อาจมีสีขาว สีเหลือง สีม่วง ผลแก่จะมีสีเหลือง เนื้อในผลมีลักษณะเป็นเมือก และมีเมล็ดสีเขียวข้างในกว่า 60 เมล็ด จะนำมาทานสด ๆ หรือนำไปปรุงสุกก็อร่อยเหมือนกัน