ต้นหูปลาช่อน จัดเป็นพรรณไม้ล้มลุกจำพวกหญ้า มีลำต้นตั้งตรง มีมีสีเขียวแกมม่วง ลำต้นมีความสูงได้ประมาณ 10-50 เซนติเมตร แตกกิ่งก้านที่โคนต้น ลำต้นปกคลุมไปด้วยขนนุ่มทั่วไป ขยายพันธุ์โดยใช้เมล็ด เป็นพรรณไม้วัชพืชที่มักขึ้นตามที่ชื้น ทุ่งหญ้าโล่ง หรือขึ้นปะปนกับวัชพืชทั่วไป พบได้ในเขตร้อนของทวีปเอเชีย และจัดเป็นวัชพืชที่มีการกระจายพันธุ์ได้รวดเร็ว 

ใบเป็นใบเดี่ยว ออกเรียงสลับ ใบมีลักษณะห่อหุ้มลำต้นอยู่ ปลายใบแหลมเรียว โคนใบกว้างเป็นรูปไข่ ส่วนขอบใบโค้งหยักเล็กน้อยหรือหยักเว้า มีขนาดยาวประมาณ 5-10 เซนติเมตร หลังใบเป็นสีเขียวเข้ม ส่วนท้องใบเป็นสีม่วงแดง ใบที่โคนต้นจะมีขนาดใหญ่กว่าใบที่อยู่บนยอด ใบบนเป็นรูปหอกโคนเว้าขอบจักแคบ ไม่มีก้านใบ ออกดอกเป็นช่อ โดยจะออกตามบริเวณกลางลำต้นหรือยอดต้น ก้านช่อดอกยาวประมาณ 5-8 เซนติเมตร และก้านดอกมักแบ่งออกเป็น 2 แขนง (ช่อหนึ่งจะแยกออกเป็น 2 แขนง) มีดอกย่อยประมาณ 20-45 

ดอก ดอกเป็นดอกแบบสมบูรณ์เพศ ลักษณะของดอกเป็นดอกขนาดเล็ก ยาวประมาณ 12-14 มิลลิเมตร โคนกลีบดอกเชื่อมติดกันเป็นรูปทรงกระบอก กลีบดอกส่วนโคนจะเชื่อมติดกันเป็นรูปท่อ ดอกเป็นสีแดงม่วงมี 5 แฉก มีเกสรเพศผู้ 5 อัน เกสรเพศเมีย 1 อัน 

ผลเป็นผลเดี่ยว ลักษณะของผลเป็นรูปทรงกระบอกยาวประมาณ 4 มิลลิเมตร เปลือกผลแข็งมีจรสีขาวปกคลุมที่เส้นสันผิวเปลือก ผลแห้งจะไม่แตกหรืออ้าออก เมล็ดล่อน สีน้ำตาล และมีขน