ต้นขนุน เป็นไม้ยืนต้นขนาดใหญ่ สูงประมาณ 15-30 เมตร กิ่งและลำต้นเมื่อมีแผลจะมีน้ำยางสีขาวข้นไหลออกมา ลักษณะของใบขนุน เป็นใบเดี่ยวเรียงสลับ แผ่นใบเป็นรูปรี ปลายใบทู่ถึงแหลม โคนใบมน ใบหนา ผิวด้านบนของใบจะมีสีเขียวเข้มเป็นมัน ส่วนผิวใบด้านล่างจะสากมือ ใบขนุนกว้างประมาณ 5-8 เซนติเมตร ยาวประมาณ 10-15 เซนติเมตร

ออกเป็นช่อเชิงสดแยกเพศอยู่รวมกัน เป็นช่อสีเขียว อัดกันแน่นและอยู่บนต้นเดียวกัน โดยดอกเพศผู้จะออกตามปลายกิ่งหรือซอกใบ ซึ่งเราจะเรียกว่า “ส่า” ส่วนดอกเพศเมียจะออกตามกิ่งใหญ่และลำต้น เมื่อติดผลดอกทั้งช่อจะเจริญร่วมกันเป็นผลรวมมีขนาดใหญ่ โดย 1 ดอกจะกลายเป็น 1 ยวง

ผลขนุน หรือ ลูกขนุน ลักษณะภายนอกจะคล้าย ๆ จำปาดะ (ซึ่งเป็นวงศ์เดียวกัน) โดยลักษณะของลูกขนุน ในผลดิบเปลือกมีสีขาว หนามทู่ ถ้ากรีดจะมียางเหนียว ถ้าแก่เปลือกจะมีสีน้ำตาลอ่อนอมเหลืองและหนามจะป้านขึ้นด้วย ภายในผลของขนุนจะมีซังขนุนหุ้มยวงสีเหลืองไว้ เมล็ดจะอยู่ในยวง โดยดอกขนุนจะออกดอกปีละ 2 ครั้ง คือในช่วงเมษายน-พฤษภาคม และในช่วงธันวาคม-มกราคม