ต้นมะฮอกกานี จะมีลำต้นสูงประมาณ 15-20 เมตร โดยมีขนาดเป็นทรงพุ่ม กว้างประมาณ 4-6 เมตร เปลือกของลำต้นมีความหยาบ หนา และขรุขระ แตกออกเป็นร่องตามทางยาวของลำต้น และบางครั้งอาจหลุดลอกออกเป็นสะเก็ดเล็กๆ โดยเปลือกจะมีมีสีน้ำตาลปนสีดำ หรือมีสีน้ำตาลอมเทา 

ใบ ลักษณะของใบมะฮอกกานีเป็นใบประกอบแบบขนนก ซึ่งออกเวียนเรียงสลับกัน โดยมีใบย่อยประมาณ 3-4 คู่ ใบจะออกตรงข้ามกันหรือเยื้องกันเล็กน้อย ใบของมะฮอกกานีจะมีลักษณะเป็นรูปทรงรี มีความกว้างประมาณ 5-6 เซนติเมตรและยาว 10-15 เซนติเมตร โคนใบมนเบี้ยว ส่วนปลายใบเรียวแหลม ขอบใบเรียบ แผ่นใบจะมีสีเขียวคล้ายแผ่นหนัง โดยมีก้านใบยาวประมาณ 0.3 – 0.5 เซนติเมตร 

ดอกของมะฮอกกานี จะมีสีเหลืองหรือเหลืองแกมสีเขียว ดอกมีขนาดเล็กและมีกลิ่นหอมอ่อนๆ ซึ่งจะออกดอกตามซอกใบหรือบริเวณปลายกิ่ง กลีบเลี้ยงดอกมีสีเขียวอ่อนประมาณ 5 กลีบ และกลีบดอก 5 กลีบ เมื่อดอกบานเต็มที่ดอกจะมีความกว้างประมาณ 0.5-1.0 เซนติเมตร เกสรตัวผู้มี 10 อัน ก้านเกสรเชื่อมติดกันคล้ายรูปแจกัน มีสีแดง ส่วนก้านเกสรตัวเมียสั้นและยอดเกสรตัวเมียจะแผ่แบนคล้ายกับร่ม 

ผลมะฮอกกานีจะออกผลเป็นลักษณะผลเดี่ยว ที่มีขนาดใหญ่ รูปทรงกลมหรือรูปทรงรี ผลมีสีน้ำตาล เปลือกหนาและแข็ง โดยมีความกว้างประมาณ 7-12 เซนติเมตรและยาว 10-15 เซนติเมตร เมื่อผลแก่จะแตกออกเป็น 5 พู ภายในผลมีเมล็ดจำนวนมากเมล็ด เมล็ดมีสีน้ำตาลแบนและบาง โดยมีปีกบางๆ กว้างประมาณ 1-2 เซนติเมตร และยาว 5-6 เซนติเมตร