กระเจี๊ยบมอญจัดเป็นพืชล้มลุก อายุประมาณ 1 ปี มีระบบรากประกอบด้วยรากแก้ว และรากฝอยแผ่ขยายไปด้านข้างและหยั่งลึกได้ถึง 30-60 ซม. ส่วนลำต้นจะตั้งตรงสูง 0.80-2 เมตร ลำต้นเป็นไม้เนื้ออ่อน มีสีขาวนวล ขาวเขียว หรืออาจมีสีแดงปน มีขนอ่อนขึ้นปกคลุม เปลือกลำต้นบาง แตกกิ่งน้อย กิ่งมีขนาดสั้นและมีขนขึ้นปกคลุมเช่นเดียวกับลำต้น

ใบ ออกเป็นใบเดี่ยวขนาดใหญ่ โดยจะออกแบบเรียงสลับ ลักษณะของใบมีสีเขียวคล้ายรูปฝ่ามือรูปร่างกลมหรือเกือบกลมและมักเว้าเป็นสามแฉก แบบร่องลึกมีความกว้างประมาณ 10-30 เซนติเมตร ปลายใบหยักแหลม โคนใบเว้าเป็นรูปหัวใจ มีเส้นใยออกจากโคนใบ 3-7 เส้น ใบมีขนหยาบสากมือ ก้านใบยาว

ดอก ออกเป็นดอกเดี่ยวโดยจะแทงออกบริเวณเหนือซอกใบ เป็นดอกสมบูรณ์เพศเป็นรูปไข่กลับหรือค่อนข้างกลมมีสีเหลืองอมขาว บริเวณกลางดอกมีสีม่วง มีเกสรเพศผู้จำนวนมาก มีกลีบดอก 5 กลีบ เมื่อบานเต็มที่จะมีขนาด 4-8 เซนติเมตร ดอกที่ผสมติดแล้ว กลีบดอกจะฝ่อและร่วงไปประมาณ 3-4 วัน

ผล ออกเป็นฝักรูปร่างห้าเหลี่ยมทรงกระบอกยาว 5-30 เซนติเมตร (ขึ้นอยู่กับสายพันธุ์) ปลายเรียวแหลมลักษณะฝักโค้งงอเล็กน้อย มีขนปกคลุมภายในฝักพบเมล็ดจำนวนมาก

เมล็ด รูปร่างกลมคล้ายเมล็ดนุ่น โดยเมล็ดอ่อนจะมีสีขาวเหลือง ส่วนเมล็ดที่แก่แต่ยังไม่แห้งจะมีสีดำเป็นมันวาว และเมื่อเมล็ดแห้ง เมล็ดจะมีขนาดเล็กลงเล็กน้อย ผิวจะไม่มันวาวและมีสีดำอมเทา