ผักขมหินเป็นไม้ล้มลุก สูงได้ถึง 1 เมตร ลำต้นแตกกิ่งก้านมาก ตั้งตรงหรือทอดเลื้อยขนานไปตามพื้นดิน ผิวเรียบหรือมีขนบริเวณปลายกิ่ง ลำต้นกลมสีเขียวปนแดง ยอดอ่อนมีขน 

ใบเดี่ยว เรียงตรงข้าม ขนาดไม่เท่ากัน รูปไข่แกมขอบขนานหรือรูปใบหอก กว้าง 1.5-3 เซนติเมตร ยาว 2-4 เซนติเมตร โคนใบกลมหรือตัด ปลายใบแหลมหรือมน ขอบใบเรียบ แผ่นใบค่อนข้างหนา สีเขียว ท้องใบสีนวล ตลอดแนวขอบใบมีต่อมสีแดง 

ดอกช่อแยกแขนง ลักษณะเป็นช่อกระจุกคล้ายซี่ร่มแยกแขนง ออกที่ซอกใบและปลายกิ่ง ดอกย่อยหลายดอก รูประฆัง กลีบรวมสีขาวชมพู หรือแดง กลีบเชื่อมติดกันเป็นหลอดสั้น ปลายแยกเป็น 10 กลีบ ปลายมน กลีบรวมยาวประมาณ 0.2 ซม. ก้านช่อดอกมีขน เกสรเพศผู้ 2-3 อัน ยื่นพ้นกลีบรวมเล็กน้อย 

ผลเป็นผลแห้ง มีส่วนโคนกลีบรวมหุ้มอยู่ รูปคล้ายกระบอง เป็นสัน 5 สันตื้น ๆ มีต่อมทั่วไป ยาวประมาณ 0.2-0.3 เซนติเมตร ผิวมีขนจับดูจะเหนียวมือ เป็นวัชพืชทั่วไปในเขตร้อน ในไทยพบทั่วทุกภาคตามที่รกร้าง และข้างถนน